L'Archivio storico conserva sia i documenti originali prodotti durante lo svolgimento dell'attività scientifica, istituzionale e amministrativa dall'Accademia delle Scienze di Torino sia numerosi fondi personali. Tra il 2014 e il 2017 è stato condotto un progetto di riordino e inventariazione (d'intesa con la Soprintendenza archivistica e bibliografica del Piemonte e della Valle d'Aosta) che tuttavia ha mantenuto l'articolata e storica struttura, risultato dei numerosi interventi occorsi in oltre due secoli.

L'inventario a stampa dell'archivio è disponibile nel volume Tra le carte della scienza. L'archivio storico dell'Accademia delle Scienze di Torino dal passato alla modernità, Torino, Hapax, 2017