Il subfondo "Archivio storico istituzionale" comprende i documenti prodotti dall'Accademia durante lo svolgimento della propria attività istituzionale. L'archivio è costituito da 2931 unità che coprono un arco cronologico dal 1783 (anno di fondazione dell'Accademia) al 1975.
All'inizio del presente lavoro, la documentazione - dalle origini sino al 1945 - si presentava strutturata in categorie e classi assegnate nel precedente riordino, curato nel 1988 da Anna Riccardi Candiani e Franco Motto. Questo lo schema della struttura allora utilizzata:

1. Inventari
2. Fondo origini Accademia. Statuti e Regolamenti
Classe I. Fondo origini dell'Accademia
Classe II. Statuti e regolamenti
3. Adunanze di classe private e pubbliche. Verbali di adunanze ed altri organi accademici
Classe I. Verbali originali
Classe II. Minute dei verbali originali
Classe III. Adunanze pubbliche e private: scritture preparatorie programmi e inviti
Classe IV. Verbali di adunanze di altri organi accademici
4. Accademici: nomine, pensioni, commemorazioni, onoranze e inviti
Classe I. Nomine e pensioni conferiti ad accademici
Classe II. Commemorazioni ed onoranze
Classe III. Visite ed inviti a cerimonie
5. Attività scientifica
Classe I. Registri
Classe II. Lavori pubblicati dall'Accademia
Classe III. Privilegi, brevetti e lavori presentati con relazioni degli accademici
Classe IV. Congressi e manifestazioni varie organizzati dall'Accademia delle Scienze di Torino ed altre esterne.
Classe V. Concorsi indetti dall'Accademia delle Scienze di Torino (o sotto il suo patrocinio)
Classe VI. Premi
6. Corrispondenza
Classe I. Registri di protocollo
Classe II. Corrispondenza protocollata
Classe III. Registri copialettere
7. Rapporti con i Ministeri, Università, Politecnico e con altri Enti pubblici
8. Personale dipendente
9. Beni patrimoniali dell'Accademia
Classe I. Beni mobili e immobili. Eredità e lasciti
Classe II. Locazioni
Classe III. Ristrutturazioni, riparazioni e restauri del fabbricato dell'Accademia
10. Biblioteca, scambi di pubblicazioni e doni
Classe I. Biblioteca
Classe II. Scambi di pubblicazioni e doni
11. Bilanci, conti, mandati, allegato. Rapporti con le banche, contributi, tasse
Classe I. Bilanci, conti, mandati e allegati
Classe II. Rapporti con le banche e contributi
Classe III. Tasse
12. Economato e spese d'ufficio
Classe I. Economato
Classe II. Spese d'ufficio
13. Rapporti con i tipografi e librai per le pubblicazioni accademiche
Classe I. Attività editoriale: stampa e rapporti con i tipografi
Classe II. Vendita e spedizione di pubblicazioni

La documentazione più recente - dal 1945 al 1975 - non era stata oggetto di alcun intervento di riordino e si presentava conservata in pacchi, scatoloni e dossier di plastica.

Dopo aver preso visione di tutto il materiale documentario, si è proceduto a una nuova schedatura delle carte più antiche e già riordinate, rispettandone la struttura data in precedenza ma intervenendo laddove i dati fossero lacunosi o troppo generici. In seguito è stata schedata ex novo la documentazione più recente. Si è deciso di utilizzare la struttura esistente in tredici categorie, aggiungendo classi e sottoclassi qualora fosse necessario riorganizzare le informazioni. E' stato quindi assegnato un nuovo numero identificativo delle singole unità, riportando tuttavia nella scheda le segnature riferite al precedente ordinamento a cura di Candiani e Motto.
La struttura definitiva risulta pertanto la seguente:

Categoria 1. Inventari
Classe 1. Archivio
Classe 2. Biblioteca
Classe 3. Beni mobili e immobili
Classe 4. Privilegi
Categoria 2. Origini Accademia. Statuti e Regolamenti
Classe 1. Origini Accademia
Classe 2. Statuti e regolamenti
Categoria 3. Adunanze di classe private e pubbliche. Verbali di adunanze ed altri organi accademici
Classe 1. Verbali delle adunanze di classe private e pubbliche e di altri organi accademici (registri e volumi)
- Sottoclasse 1. Verbali originali della Classe di Scienze fisiche e matematiche
- Sottoclasse 2. Verbali originali della Classe di Scienze morali, storiche e filologiche
- Sottoclasse 3. Verbali originali delle Classi Unite
- Sottoclasse 4. Indici
Classe 2. Atti e verbali originali delle adunanze di classi private e pubbliche (minute)
- Sottoclasse 1. Minute dei verbali originali della Classe di Scienze fisiche e matematiche
- Sottoclasse 2. Minute dei verbali originali della classe di scienze morali, storiche e filologiche
- Sottoclasse 3. Minute dei verbali originali della Classi Unite
Classe 3. Adunanze pubbliche e private delle classi di Scienze fisiche e matematiche, Scienze morali, storiche e filosofiche e Unite: scritture preparatorie, programmi e inviti
Classe 4. Verbali di adunanze di altri organi accademici
- Sottoclasse 1. Verbali originali delle adunanze del Consiglio di Amministrazione
- Sottoclasse 2. Verbali del Consiglio di Presidenza
- Sottoclasse 3. Comitato di censura
- Sottoclasse 4. Consiglio di Ispezione
- Sottoclasse 5. Giunta della Biblioteca
Categoria 4. Accademici: nomine, pensioni, commemorazioni, onoranze e inviti
Classe 1. Nomine, pensioni e onorificenze conferite ad accademici
- Sottoclasse 1. Elezioni e nomine a socio
- Sottoclasse 2. Registri ed elenchi dei soci
- Sottoclasse 3. Annuario e dati sui soci
- Sottoclasse 4. Cariche accademiche
- Sottoclasse 5. Onorificenze, titoli
- Sottoclasse 6. Pensioni
Classe 2. Commemorazioni ed onoranze
- Sottoclasse 1. Condoglianze
- Sottoclasse 2. Onoranze e commemorazioni funebri
- Sottoclasse 3. Commemorazioni di Amedeo Avogadro
- Sottoclasse 4. Celebrazioni commemorative di accademici e personaggi illustri
Categoria 5. Attività scientifica
Classe 1. Registri dei lavori presentati alle sedute accademiche dal 1806 al 1808
Classe 2. Memorie pubblicate dall'Accademia
Classe 3. Atti pubblicati dall'Accademia
Classe 4. Lavori accademici diversi
Classe 5. Privilegi, brevetti e lavori presentati con relazioni degli accademici
- Sottoclasse 1. Relazioni della classe di Scienze fisiche e matematiche
- Sottoclasse 2. Relazioni della classe di Scienze morali, storiche e filologiche
- Sottoclasse 3. Registri delle relazioni della classe di Scienze fisiche e matematiche
- Sottoclasse 4. Registri delle relazioni della classe di Scienze morali, storiche e filologiche
- Sottoclasse 5. Registri dei certificati di privilegio e delle dichiarazioni di deposito
- Sottoclasse 6. Richieste di privilegi, brevetti e pareri. Relazioni. Corrispondenza
- Sottoclasse 7. Privilegi depositati alla Reale Accademia delle Scienze di Torino
- Sottoclasse 8. Tavole delle privative (brevetti) dello Stato sabaudo fino al 1854
- Sottoclasse 9. Modelli di carte da gioco e tarocchi depositati alla Segreteria della Regia
Camera dei Conti (art. 901) e dal 1861 alla Direzione Generale degli Archivi di Stato
- Sottoclasse 10. Regolamenti e normativa
Classe 6. Congressi e manifestazioni varie organizzate dall'Accademia ed altre esterne
- Sottoclasse 1. Commissioni di studio
- Sottoclasse 2. Congressi e convegni
Classe 7. Concorsi indetti dall'Accademia o sotto il suo patrocinio
Classe 8. Fondazioni e premi
- Sottoclasse 1. Parte generale
- Sottoclasse 2. Premio Bressa
- Sottosottoclasse 1. Fondazione Bressa
- Sottosottoclasse 2. Premio Bressa
- Sottoclasse 3. Concorso a premi Pillett-Will
- Sottoclasse 4. Premio Gautieri
- Sottosottoclasse 1. Fondazione Gautieri
- Sottosottoclasse 2. Premio Gautieri
- Sottoclasse 5. Premio Morelli di Bergamo
- Sottosottoclasse 1. Istituzione Morelli di Bergamo
- Sottosottoclasse 2. Premio Morelli di Bergamo
- Sottoclasse 6. Premio Ravani-Pellati
- Sottosottoclasse 1. Fondazione Ravani-Pellati
- Sottosottoclasse 2. Premio Ravani-Pellati
- Sottoclasse 7. Premio Vallauri
- Sottosottoclasse 1. Fondazione Vallauri
- Sottosottoclasse 2. Premio Vallauri
- Sottoclasse 8. Premio Pollini
- Sottosottoclasse1. Fondazione Pollini
- Sottosottoclasse 2. Premio Pollini
- Sottoclasse 9. Premio Bonavera
- Sottosottoclasse 1. Fondazione Bonavera
- Sottosottoclasse 2. Premio Bonavera
- Sottoclasse 10. Premio Panetti
- Sottosottoclasse 1. Fondazione Panetti
- Sottosottoclasse 2. Premio Panetti
- Sottoclasse 11. Premio Colonnetti
- Sottoclasse 12. Premio Paravia (Certamen Paravianum)
Categoria 6. Corrispondenza
Classe 1. Registri di protocollo
Classe 2. Corrispondenza
- Sottoclasse 1. Corrispondenza in ordine di registrazione
- Sottoclasse 2. Rapporti con ministeri ed enti pubblici
- Sottoclasse 3. Rapporti con accademie e società scientifiche
- Sottoclasse 4. Rapporti con enti e persone
Classe 3. Registri copialettere
Categoria 7. Rapporti e corrispondenza con Università e Politecnico
Categoria 8. Personale dipendente
Categoria 9. Beni patrimoniali dell'Accademia
Classe 1. Beni mobili ed immobili. Eredità e lasciti
- Sottoclasse 1. Acquisti, alienazioni, eredità e donazioni
- Sottoclasse 2. Beni mobili e immobili
Classe 2. Locazioni
Classe 3. Ristrutturazioni, riparazioni e restauri del fabbricato dell'Accademia
Categoria 10. Biblioteca e Archivio
Classe 1. Biblioteca
- Sottoclasse 1. Attività della biblioteca
- Sottoclasse 2. Registri
- Sottoclasse 3. Acquisti, vendite di pubblicazioni e abbonamenti
Classe 2. Scambi di pubblicazioni e doni
- Sottoclasse 1. Invio di pubblicazioni attraverso enti ministeriali e biblioteche
- Sottoclasse 2. Scambi di pubblicazioni con città, enti e istituzioni in Italia
- Sottoclasse 3. Scambi di pubblicazioni con città, enti e istituzioni all'estero
- Sottoclasse 4. Omaggi e doni
- Sottoclasse 5. Norme per gli scambi di pubblicazioni e registri indirizzari
Categoria 11. Bilanci, conti, mandati, allegati. Rapporti con le banche, contributi, tasse
Classe 1. Bilanci, conti, mandati, allegati
- Sottoclasse 1. Esercizi finanziari
- Sottoclasse 2. Registri del conto del tesoriere
- Sottoclasse 3. Libri cassa
Classe 2. Rapporti con le banche e contributi
Classe 3. Tasse
Categoria 12. Economato
Classe 1. Contabilità economale
Classe 2. Spese d'ufficio
Categoria 13. Attività editoriale. Rapporti con i tipografi e librai per le pubblicazioni accademiche
Classe 1. Stampa e rapporti con i tipografi
- Sottoclasse 1. Rapporti con tipografie, eliografie e stamperie
- Sottosottoclasse 1. Rapporti con tipografie, eliotipie e stamperie diverse
- Sottosottoclasse 2. Rapporti con la tipografia Bona
- Sottosottoclasse 3. Rapporti con la Stamperia Reale
- Sottoclasse 2. Attività editoriale
Classe 2. Vendita e spedizione di pubblicazioni. Rapporti con editori e librai
- Sottoclasse 1. Rapporti con editori e librai
- Sottoclasse 2. Varie