Nell'archivio dell'Accademia delle scienze è conservata anche documentazione prodotta dalla Stamperia Reale nel corso della sua attività. Tale anomalia trova forse spiegazione nella presenza negli entrambi gli enti del barone Antonio Manno, socio e collaboratore attivo dell'Accademia e direttore della Stamperia. E' possibile dunque che conservasse i registri di quest'ultima presso di sè e che li abbia lasciati nell'archivio dell'Accademia.

I documenti della Stamperia presenti in archivio sono pochi (4 unità), ma fondamentali per ricostruirne la storia in tutta la sua durata. L'unità indicata con segnatura STA.1 è una raccolta di trascrizioni di documenti (concessioni, contratti, convenzioni, progetti di costruzione con disegni, verbali) e per questo è la fonte principale di informazioni, insieme ai verbali conservati in STA. 3.

Prima dell'intervento di riordino, la documentazione della Stamperia era collocata in Categoria 13, classe 1 che comprende i documenti relativi ai rapporti con tipografie e stamperie. Si è deciso di riunirla, e collocarla fuori dalle categorie riconoscendola come parte di un fondo a sè.

Nell'archivio istituzionale dell'Accademia, in Categoria 13, Classe 1, Sottoclasse 1, sottosottoclasse 3, sono stati lasciati invece i documenti relativi alla collaborazione editoriale con l'Accademia a partire al 1816.